pibase | pibase step 2 | pibase_consensus example: 1000 Genomes NA12878 SOLiD chr22




The tab-separated text file (above, and in full detail below) shows example output from pibase_consensus.
The file is identical to a pibase_bamref file, except that the following additional columns are inserted:

Columns 8 to 21 (H to U) contain inferred genotypes, where the "BestGen" genotype is the best estimate and the "BestQual" is a quality measure ("?" if the BestGen estimate is considered poor).

The "A+-" and "B+-" columns show whether the "BestGen" genotype is supported by both strands. For non-diploid genotypes, these columns are empty and a warning is issued at run time.

Columns 22 to 31 (V to AE) summarise the reads supporting A, C, G, T (separated by ":") for each of the 5 groups, for unique start points ("SP") and coverages ("CV").

Columns 32 and 33 (AF and AG) indicate whether a homologous region and/or a hypervariable region was detected at this coordinate (which requires sufficient coverage).

# Estimate of Best Genotype and its quality (BestQual tag), for consensus of pibase-generated Position Info Files (1-based coordinates)
# Generated by pibase_consensus v1.4.5 from files
# output/NA12878_SOLID.txt
# Using coverage thresholds t1=0.022 t2=8, unique start point thresholds t3=0.04 t4=4, and both-strand-confirmation threshold t5=0.2
# Using unique start point differences t6=0.022 t7=2 between filter levels F3-F2 resp. F4-F3 for flagging hypervariable loci resp. homologous loci
#
# Reference sequence file: hg19.1000G.quick.fasta
# Mapping of pibase-chromosome-number to chromosome/contig name:
# Positions of interest taken from file: hg19_chr22_genomic_coords_of_interest.txt
# Max fragment length considered: 50 bases
# Base quality value threshold QVmin= 20
# Mapped-length-of-read threshold MLmin= 34 bases
# Mismatch-in-read threshold MMmax= 1
# Read-mapping quality value threshold RQVmin= 20
# Column "Ign" denotes number of ignored reads due to indels (usually bad mapping!)
# Column "RefSeqcontext" denotes the poi-Refbase and the +-6 Refbases
# Column "Class" denotes context class (e.g. stretches or STRs)
#
# Date: 2012_05_22__16:00:27
#
# Column "BestGen" is the best estimate of the genotype using all filter levels, coverages, and start points
# Column "BestQual" contains a "?" if the genotype estimate is of low quality, followed by a number from 1 (slight quality loss) to 8 (low coverage guess)
# Columns "A+-" (allele 1) and "B+-" (allele 2) contain "+-" if both strands support the allele (strand defined as supported if reads on "minor" strand <= 0.2 * reads on "major" strand), otherwise just "+" or "-"
# Column "Homologous" contains "H" if the coordinate lies in a region of the reference sequence where some reads have not mapped uniquely
# Column "Hypervariable" contains "V" if the coordinate lies in a hypervariable region, where there is more than 1 mismatch per read.
#
# 									Consensus Genotype												Reads														MapQV>RQVmin and MM<=MMmax and Read>MLmin and BaseQVs>=QVmin													MM<=MMmax and Read>MLmin and BaseQVs>=QVmin															Read>MLmin and BaseQVs>=QVmin																	BaseQVs>=QVmin																			No QV-Filtering
# 									Best				Filt4		Filt3		Filt2		Filt1		Filt0		Filt4		Filt3		Filt2		Filt1		Filt0						Unique start points (on +- strands)						Coverage									Unique start points (on +- strands)						Coverage									Unique start points (on +- strands)						Coverage									Unique start points (on +- strands)						Coverage									Unique start points (on +- strands)						Coverage									
# C	Pos[1]		Ref	RefSeqContext	GC[%]	Class	Ign BestGen BestQual	A+-	B+-	SP	CV	SP	CV	SP	CV	SP	CV	SP	CV	SP	CV	SP	CV	SP	CV	SP	CV	SP	CV	Homologous	Hypervariable	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-	A+	A-	C+	C-	G+	G-	T+	T-	N+	N-
22	17662444	C	TTTTCT[C]ACTCTC	38	5	2	CC	?8	+-	+-			CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:4:0:0	0:4:0:0	0:7:0:0	0:7:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	1	0	0	0	0	0	0	0	0	5	2	0	0	0	0	0	0	0	0	5	2	0	0	0	0	0	0
22	17662793	A	GAAATC[A]TAGGAC	38	1	1	AA	?7	-	-							AA	AA	AA	AA	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	3:0:0:0	3:0:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0
22	17669306	T	TAGTCA[T]GCAAGG	46	1	1	TT	?7	+-	+-	TT	TT	TT	TT	TT	TT	TT	TT	TT	TT	0:0:0:3	0:0:0:3	0:0:0:3	0:0:0:3	0:0:0:4	0:0:0:4	0:0:0:6	0:0:0:6	0:0:0:7	0:0:0:7					0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	2	4	0	0	0	0	0	0	0	0	2	4	0	0	0	0	0	0	0	0	2	5	0	0	0	0	0	0	0	0	2	5	0	0
22	19958811	C	CCTGAC[C]GCGGGC	84	1	1	CC	?7	+	+									CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0
22	19958829	G	GGGCCC[G]GGGGGA	92	9	2	GG	?8	-	-									GG	GG	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:2:0	0:0:2:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0
22	19968971	G	GGGCCT[G]GGCCAA	76	1	1	GG	?7	-	-									GG	GG	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:1:0	0:0:1:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0
22	19969075	A	ACCCCC[A]CTGCTG	69	8	3	AA	?8	+-	+-									AA	AA	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	3:0:0:0	3:0:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0
22	19969106	A	GTGGCC[A]CTGGGC	76	1	0	AA	?7	-	-									AA	AA	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0
22	19969495	G	GGATGT[G]ACAATA	38	1	3	GG		+-	+-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	0:0:2:0	0:0:3:0	0:0:2:0	0:0:3:0	0:0:2:0	0:0:3:0	0:0:6:0	0:0:8:0	0:0:8:0	0:0:11:0				0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	2	4	0	0	0	0	0	0	0	0	3	5	0	0	0	0	0	0	0	0	4	4	0	0	0	0	0	0	0	0	6	5	0	0	0	0
22	22318538	C	CCGTGT[C]GGCCCA	76	1	1															0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
22	22318671	G	CATGGC[G]TGCTGC	69	1	1	GG	?7	+-	+-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:4:0	0:0:4:0					0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0
22	23503121	G	GCAGTC[G]GTGCTG	69	1	2	AA	?7	-	-							AA	AA	GG	GG	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:2:0	1:0:2:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	1	0	0	0	0	0	1	0	0	1	1	0	0	0	0
22	23503170	A	GTCGGC[A]ATGGAG	61	1	4	AA	?7	-	-									AA	AA	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0
22	24579503	T	GACTCC[T]CCGGGC	76	1	1	TT	?7	+-	+-							TT	TT	TT	TT	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:1	0:0:0:1	0:0:0:4	0:0:0:4					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0
22	24582041	A	CATTCA[A]TGGGCG	53	1	1	AA		+-	+-	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	2:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0	10:0:0:0 10:0:0:0 11:0:0:0 11:0:0:0				1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	6	4	0	0	0	0	0	0	0	0	6	4	0	0	0	0	0	0	0	0	7	4	0	0	0	0	0	0	0	0	7	4	0	0	0	0	0	0	0	0
22	30823196	T	GGTGAC[T]GTGGCT	61	1	0	CC	?7	+	+	CC	CC	CC	CC	CC	CC					0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:1	0:1:0:1	0:1:0:1	0:1:0:1					0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	0	0
22	30823250	G	CATTCC[G]GGCTTC	61	1	1	GG	?7	+	+									GG	GG	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:3:0	0:0:3:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0
22	30856121	G	CGAAGC[G]TAGGAC	61	1	4	GG	?7	+-	+-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:4:0	0:0:5:0	0:0:6:0	0:0:7:0					0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	0	0	0	0	0	2	4	0	0	0	0	0	0	0	0	2	5	0	0	0	0
22	30857373	A	TAGAAC[A]TCTGTC	38	1	3	AC	?7	+-	+-	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	AC	AC	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	3:2:0:0	3:2:0:0					0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	1	1	1	0	0	0	0	0	0	2	1	1	1	0	0	0	0	0	0
22	30857448	A	CGCACC[A]TCAGAT	53	1	2	AA	?7	+-	+-	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	1:0:0:0	2:0:0:0	1:0:0:0	2:0:0:0	1:0:0:0	2:0:0:0	5:0:0:0	6:0:0:0	6:0:0:0	7:0:0:0					0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	3	4	0	0	0	0	0	0	0	0
22	30860830	C	TTCCTG[C]GAGTGT	53	1	2	CC	?7	+-	+-	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:3:0:0	0:3:0:0	0:4:0:0	0:6:0:0					0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	4	0	0	0	0	0	0
22	30864610	A	GGCCCA[A]TGATGT	53	1	3	AA	?7	+-	+-	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	4:0:0:0	4:0:0:0	4:0:0:0	4:0:0:0					0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0
22	30864627	G	CCACAC[G]GGGCAG	76	4	2	GG	?7	+-	+-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:6:0	0:0:7:0					0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	3	3	0	0	0	0	0	0	0	0	4	3	0	0	0	0
22	30951948	G	GGTGCT[G]CTGGCC	76	1	0	GG		+-	+-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:6:0	0:0:6:0	0:0:7:0	0:0:8:0					0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	2	0	0	0	0	0	0	0	0	4	2	0	0	0	0	0	0	0	0	4	3	0	0	0	0	0	0	0	0	4	4	0	0	0	0
22	30953280	C	GGGGCA[C]GGCATA	69	4	6	CC	?7	-	-							CC	CC	CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0
22	30953295	C	AGTACA[C]CAGCAG	53	1	4	TT	?7	-	-							TT	TT	TT	TT	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:2	0:0:0:2	0:0:0:2	0:0:0:2					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0
22	31487701	C	ACTCAG[C]ACCAGT	53	1	0	CC	?7	+-	+-							CC	CC	CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0
22	31491295	G	ATGGAA[G]CAGAGC	53	1	10	CG	?7	+	+-					CC	CC	CG	CG	CG	CG	0:1:1:0	0:1:1:0	0:1:1:0	0:1:1:0	0:2:1:0	0:2:1:0	0:2:2:0	0:2:2:0	0:2:5:0	0:2:5:0					0	0	1	0	0	1	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	0	0	0	0	0	0	1	0	0	1	0	0	0	0	0	0	2	0	0	1	0	0	0	0	0	0	2	0	0	1	0	0	0	0	0	0	2	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	0	1	1	0	0	0	0	0	0	2	0	4	1	0	0	0	0	0	0	2	0	4	1	0	0	0	0
22	31491332	C	TGGAAG[C]GGCCAA	61	1	0	CC	?7	+	+									CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0
22	31655196	G	ACTGGT[G]CAGCAT	53	1	2	GG	?7	+-	+-									GG	GG	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:4:0	0:0:4:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0
22	31658205	C	CCCGTC[C]GCACAC	76	1	2	CC	?7	+-	+-							CC	CC	CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	0:5:0:0	0:6:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	0	0	0	0	0	2	4	0	0	0	0	0	0
22	31663842	C	GAACCT[C]CTGACA	53	1	4	GG	?5	+-	+-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	CG	CG	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:3:0	0:0:3:0	0:0:3:0	0:0:3:0	0:0:4:0	0:0:4:0	0:3:5:0	0:3:5:0					0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	0	1	3	0	0	0	0	0	0	0	3	2	3	0	0	0	0	0	0	0	3	2	3	0	0	0	0
22	33670584	G	GTAGGC[G]TTGGGC	69	1	1	GG	?7	-	-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:3:0	0:0:3:0	0:0:4:0	0:0:4:0					0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	0	0	0	0
22	33673125	C	CAGTCA[C]GTCTCA	53	1	2	CC	?7	+-	+-	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	0:4:0:0	0:5:0:0	0:4:0:0	0:5:0:0	0:4:0:0	0:5:0:0	0:4:0:0	0:5:0:0	0:5:0:1	0:6:0:1					0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	3	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	3	0	0	1	0	0	0	0	0	3	3	0	0	1	0	0	0
22	34000460	G	CACAGC[G]GGCACC	76	1	3	GG	?2	+	+									GG	GG	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:8:0	0:0:8:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	7	1	0	0	0	0	0	0	0	0	7	1	0	0	0	0
22	34000484	C	GAAGAG[C]GTGGCC	69	1	6	CC	?7	+-	+-	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	0:2:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	0:7:0:0	0:7:0:0					0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	5	2	0	0	0	0	0	0	0	0	5	2	0	0	0	0	0	0
22	34022284	G	GTATCC[G]GCGCAG	69	1	2	AA	?5	+-	+-	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AG	AG	3:0:1:0	3:0:1:0	3:0:1:0	3:0:1:0	4:0:1:0	4:0:1:0	5:0:1:0	5:0:1:0	5:0:3:0	5:0:3:0					0	3	0	0	0	1	0	0	0	0	0	3	0	0	0	1	0	0	0	0	0	3	0	0	0	1	0	0	0	0	0	3	0	0	0	1	0	0	0	0	1	3	0	0	0	1	0	0	0	0	1	3	0	0	0	1	0	0	0	0	1	4	0	0	0	1	0	0	0	0	1	4	0	0	0	1	0	0	0	0	1	4	0	0	2	1	0	0	0	0	1	4	0	0	2	1	0	0	0	0
22	39095987	A	CACACA[A]CTCATG	46	500	2	AA	?4	+-	+-	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	1:0:0:0	1:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0	5:0:0:0	5:0:0:0	8:0:0:0	8:0:0:0					1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	0	0	0	0	0	3	5	0	0	0	0	0	0	0	0	3	5	0	0	0	0	0	0	0	0
22	39440149	C	AGTGCG[C]CCCACC	76	3	7	TT	?7	-	-							TT	TT	CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:1	0:0:0:1	0:2:0:1	0:3:0:1					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	1	1	0	0	0	1	0	0	0	0	1	2	0	0	0	1	0	0
22	39627630	G	CACCTG[G]ACAGGT	61	1	3	GG	?7	+-	+-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:2:0	0:0:3:0	0:0:3:0					0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0
22	40283427	A	TCATCT[A]TGTGCT	38	1	1	AA	?7	+-	+-	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	3:0:0:0	3:0:0:0	3:0:0:0	3:0:0:0	4:0:0:0	4:0:0:0	5:0:1:0	5:0:1:0	6:0:1:0	6:0:1:0					2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	1	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	2	0	0	0	0	0	0	0	0	2	3	0	0	1	0	0	0	0	0	2	3	0	0	1	0	0	0	0	0	2	4	0	0	1	0	0	0	0	0	2	4	0	0	1	0	0	0	0	0
22	40417495	C	CAAGTA[C]GCCTTG	53	1	1	CC	?7	+-	+-							CC	CC	CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0
22	40417571	G	GCGGGC[G]GCAACC	84	1	1	GG	?7	+-	+-									GG	GG	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:2:0	0:0:2:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0
22	40417780	C	CCGAAA[C]GGCATG	61	1	1	CC	?7	+	+	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0					0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0
22	40417820	A	CCCGCC[A]GGCGCT	84	1	1	AA	?7	+-	+-							AA	AA	AA	AA	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0
22	40417943	G	CCCAAC[G]AGAATT	46	1	1	GG		+-	+-	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	GG	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:5:0	0:0:5:0	0:0:7:0	0:0:8:0					0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	0	0	0	0	0	1	4	0	0	0	0	0	0	0	0	2	5	0	0	0	0	0	0	0	0	3	5	0	0	0	0
22	45312244	G	GGCGGC[G]GCATTG	76	1	2	GG	?7	-	-							GG	GG	GG	GG	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0	0:0:1:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0
22	45312345	C	GGCTGC[C]GGGCGC	92	1	0	CC	?7	+	+									CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0
22	50616806	A	TGGGCT[A]GGCCTG	69	1	2	AA	?7	+-	+-			AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	AA	0:0:0:0	0:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0	2:0:0:0	2:0:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0	1	1	0	0	0	0	0	0	0	0
22	21998280	G	CTGTGC[G]CTTCCA	61	1	4	AG	?7	+-	+-							AG	AG	AG	AG	1:0:1:0	1:0:1:0	1:0:1:0	1:0:1:0	1:0:1:0	1:0:1:0	2:0:2:0	2:0:2:0	2:0:4:0	2:0:4:0					1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	0	0	0	1	0	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	1	1	0	0	0	0	1	1	0	0	3	1	0	0	0	0	1	1	0	0	3	1	0	0	0	0
22	22318354	T	GCGTCA[T]GGCCTT	61	1	1	TT	?7	+-	+-			TT	TT	TT	TT	TT	TT	TT	TT	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:1	0:0:0:1	0:0:0:2	0:0:0:2	0:1:0:4	0:1:0:4	0:1:0:4	0:1:0:4					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	1	0	0	0	2	2	0	0	0	0	1	0	0	0	2	2	0	0	0	0	1	0	0	0	2	2	0	0	0	0	1	0	0	0	2	2	0	0
22	24580807	C	CAACTC[C]GGCTCT	61	1	2	CC	?7	+-	+-	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	CC	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:1:0:0	0:2:0:0	0:2:0:0	0:5:0:0	0:6:0:0					0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	4	1	0	0	0	0	0	0	0	0	5	1	0	0	0	0	0	0
22	24580897	C	AAATTA[C]GCAGGG	46	1	4	CC	?7	+-	+-							CC	CC	CC	CC	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:3:0:0	0:3:0:0	0:7:0:0	0:7:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	1	2	0	0	0	0	0	0	0	0	3	4	0	0	0	0	0	0	0	0	3	4	0	0	0	0	0	0
22	45279003	G	GGGTGT[G]TGGCTG	69	1000	2	AA	?8	-	-									AA	AA	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	0:0:0:0	1:0:0:0	1:0:0:0					0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0



^top